В ходе историко-геоэкологического анализа территории применяются разнообразные методы исследований: сравнительно-географический, статистический, картографический и др. Одним из основных является топонимический метод, используемый для:

— реконструкции ландшафтов прошлого;
— исследования процесса освоения территории (в т. ч. и его этнических особенностей);
— выявления характера природопользования.